ই-গভর্নেন্সের ক্ষেত্রে অনেক প্রতিবন্ধকতা বা বাধা রয়েছে। এর মধ্যে গুরুত্বপূর্ণ কিছু প্রতিবন্ধকতা নিম্নে আলোচনা করা হলো:

১. বৈধ মূল কাঠামোর অভাব: ই-গভর্নেন্স কার্যকর করার ক্ষেত্রে অন্যতম প্রতিবন্ধকতা হলো একটি বৈধ মূল কাঠামোর (A Legal Framework) অভাব। মূল কাঠামো ছাড়া ই-গভর্নেন্সের পরিকল্পনাকে বাস্তবে রূপায়িত করা সম্ভব নয়।

২. আইসিটি অবকাঠামোর অভাব ই-গভর্নেন্সের সবচেয়ে বড় বাধা বা প্রতিবন্ধকতা হলো পর্যাপ্ত আইসিটি অবকাঠামোর অভাব। পর্যাপ্ত আইসিটি অবকাঠামোগত সমস্যার কারণে বিভিন্ন রাষ্ট্রে ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠা করা যাচ্ছে না।

৩. আইসিটি বিশেষজ্ঞের অভাব: আইসিটি বিশেষজ্ঞের অভাবও ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে একটি বড় বাধা। তৃতীয় বিশ্বের উন্নয়নশীল অনেক দেশে এ বিষয়ে বিশেষজ্ঞের যথেষ্ট অভাব রয়েছে।

৪. ব্যয়বহুল: ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে আর একটি প্রতিবন্ধকতা হলো এটি ব্যয়বহুল। ব্যয়বহুল হওয়ার কারণে বিশ্বের অনেক রাষ্ট্র এখনও ই-গভর্নেন্স প্রবর্তন করতে পারছে না।

৫. রাজনৈতিক সদিচ্ছার অভাব ই-গভর্নেন্স কার্যকর করার ক্ষেত্রে অন্যতম উল্লেখযোগ্য প্রতিবন্ধকতা হলো রাজনৈতিক সদিচ্ছার অভাব। রাষ্ট্রে যেকোনো পরিকল্পনা গ্রহণ করে রাজনীতিবিদগণ। তাই সুশাসন প্রতিষ্ঠায় রাজনৈতিকভাবেই ই-গভর্নেন্সের বিষয়ে সিদ্ধান্ত গ্রহণ করতে হবে।

৬. জনসচেতনতার অভাব ই-গভর্নেন্স কার্যকর করার ক্ষেত্রে আর একটি বড় বাধা হলো সাধারণ জনগণের সচেতনতার অভাব। তৃতীয় বিশ্বের অধিকাংশ দেশে শিক্ষার হার কম এবং সমগ্র জনগণের একটি বিশাল অংশ দরিদ্র। দরিদ্র এবং অশিক্ষিত জনগণ ই-গভর্নেন্স কার্যকর করার ক্ষেত্রে একটি বড় প্রতিবন্ধকতা।

৭. সাইবার আক্রমণের সম্ভাবনা: ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠায় একটি উল্লেখযোগ্য সমস্যা হলো সাইবার আক্রমণের সম্ভাবনা। সাইবার আক্রমণ যেকোনো দেশের তথ্যের মারাত্মক ক্ষতি সাধন করতে পারে।

৮. নিম্নমানের ইন্টারনেট কভারেজ নিম্নমানের ইন্টারনেট কভারেজও ই-গভর্নেন্সের প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে একটি প্রতিবন্ধকতা। ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠা করতে হলে প্রত্যন্ত গ্রামাঞ্চল পর্যন্ত সার্বক্ষণিক ইন্টারনেট কভারেজ দিতে হবে।

৯. অত্যধিক সতর্কতার প্রয়োজন: ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠা করতে অন্যতম সমস্যা হলো এখানে অত্যধিক সতর্কতার প্রয়োজন হয়। সতর্ক না থাকলে রাষ্ট্রের যেকোনো গোপনীয় তথ্য বা সিদ্ধান্ত ফাঁস হয়ে যেতে পারে, যার ফলে রাষ্ট্রের নিরাপত্তাজনিত সমস্যা দেখা দিতে পারে।

১০. আইসিটি জ্ঞানের অভাব ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠায় অন্যতম প্রতিবন্ধকতা হলো সাধারণ জনগণের পর্যাপ্ত আইসিটি জ্ঞানের অভাব। এ কারণে নাগরিকদের একটি বিশাল অংশ সরকারি-বেসরকারি বিভিন্ন কর্মকাণ্ড সম্পর্কে অবগত হতে পারে না।

১১. আমলাদের অনীহা আমলাদের অনীহা ও অবহেলা ই-গভর্নেন্স প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে একটি বড় প্রতিবন্ধকতা। রাষ্ট্রের রাজনৈতিক সিদ্ধান্তগুলো বাস্তবায়নের সাথে সংশ্লিষ্ট থাকেন আমলাগণ। তাই আমলাদের অনাগ্রহ ও অবহেলাও ই-গভর্নেন্স কার্যকর করার ক্ষেত্রে একটি বাধা।

১২. পর্যাপ্ত টেলিকমিউনিকেশনস অবকাঠামোর অভাব ই-গভর্নেন্স প্রবর্তনের অন্যতম উল্লেখযোগ্য প্রতিবন্ধকতা হলো পর্যাপ্ত টেলিকমিউনিকেশনস অবকাঠামোর অভাব। পর্যাপ্ত টেলিকমিউনিকেশনস ছাড়া সরকার ও জনগণের মধ্যে তথ্য আদান-প্রদান করা সম্ভব নয়।