ছয় দফা দাবি মেনে নেওয়া প্রেসিডেন্ট আইয়ুব খানের পক্ষে সম্ভব ছিল না। তাই ছয় দফা দাবি কেন্দ্রিক আন্দোলনকে স্তব্ধ করে দেওয়ার জন্য আইয়ুব খান দমননীতির আশ্রয় নেয়। বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানসহ বেশ কয়েকজনসহ দেশপ্রেমিক নেতৃবৃন্দকে দেশের শত্রু চিহ্নিত করার জন্য তাদের বিরুদ্ধে আগরতলার মামলা দায়ের করে। পরবর্তীতে এ মামলা মিথ্যা প্রমাণিত হলে আইয়ুব খানের পতন ত্বরান্বিত হয়।