এককেন্দ্রিক সরকারে সুবিধা যেমন রয়েছে, তেমনি কতগুলো ত্রুটিও রয়েছে। যেমন-

১. কাজের চাপ: এককেন্দ্রিক সরকারে কেন্দ্রের হাতে সকল ক্ষমতা ন্যস্ত থাকায় কেন্দ্রীয় সরকারের উপর কাজের বেশি চাপ থাকে। সরকারের সব কাজ কেন্দ্রীয় সরকারকে করতে হয় বলে প্রশাসকগণ রুটিন কাজের চাপে জনহিতকর কাজের প্রতি প্রয়োজনীয় সময় দিতে পারে না।

২. স্থানীয় নেতৃত্ব বিকাশের অনুকূল নয়: এ ব্যবস্থায় কেন্দ্রীয়ভাবে ক্ষমতার চর্চা ও সিদ্ধান্ত গৃহীত হয়। প্রাদেশিক বা আঞ্চলিক পর্যায়ে জনগণের রাজনৈতিক প্রক্রিয়ায় অংশগ্রহণের সুযোগ থাকে না। ফলে স্থানীয় নেতৃত্ব গড়ে উঠার সুযোগ থাকে না।

৩. স্থানীয় উন্নয়ন ও সমস্যার প্রতি অবহেলা এককেন্দ্রিক সরকারে সারা দেশের জন্য অভিন্ন পরিকল্পনা ও সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়। কিন্তু বিভিন্ন এলাকায় ভিন্ন ভিন্ন সমস্যা থাকতে পারে, যার প্রতি কেন্দ্রীয় সরকারের পক্ষে নজর দেওয়া সম্ভব হয় না। আবার অঞ্চলগুলো দূরে থাকার কারণে কেন্দ্রীয় সরকার স্থানীয় সমস্যাগুলো ঠিকভাবে বুঝতে ও সমাধান করতে পারে না।

৪. বড়ো রাষ্ট্রের জন্য অনুপযোগী: বড়ো রাষ্ট্রের জন্য এককেন্দ্রিক সরকার সুবিধাজনক নয়। বড়ো রাষ্ট্রে এক অঞ্চলের সঙ্গে আরেক অঞ্চলের ভাষা, সংস্কৃতি, কৃষ্টি ইত্যাদি ক্ষেত্রে কম-বেশি পার্থক্য পরিলক্ষিত হয়। এই পার্থক্যগুলো একত্রিত করে সবকিছু কেন্দ্রীয় সরকারের পক্ষে একা সামাল দেওয়া সম্ভব নয়। ফলে রাষ্ট্র পরিচালনায় সরকারকে নানামুখী সমস্যার সম্মুখীন হতে হয়। সরকারের প্রতি সন্দেহ ও অবিশ্বাস বাড়ে। এ কারণে অঞ্চলগুলোর বিচ্ছিন্ন হওয়ার প্রবণতা দেখা দিতে পারে।

৫. কেন্দ্রের স্বেচ্ছাচারিতা: এককেন্দ্রিক সরকার ব্যবস্থায় কেন্দ্রীয় সরকারের হাতে সমস্ত ক্ষমতা কেন্দ্রীভূত হওয়ার ফলে কেন্দ্রের স্বেচ্ছাচারিতার সম্ভাবনা থাকে।