জাকারিয়ার পিতা সৈয়দ সাহেব একজন ব্যবসায়ী। ১৯৭১ সালে মুক্তিযুদ্ধ শুরু হলে তিনি যুক্তিযুদ্ধে অংশ গ্রহণ করেন এবং চট্টগ্রামের হাটহাজারিতে যুদ্ধ করেন। অপরদিকে, জাকারিয়ার চাচা সেলিম সাহেব সে সময় লন্ডনে ছিলেন। মুক্তিযুদ্ধে পাকিস্তানি বাহিনীর গণহত্যার প্রতিবাদে তিনি লোকজন জড়ো করে কমনওয়েলথ সদর দপ্তরের সামনে মানব বন্ধন করেন।