১৫৩৮ সালে আরব এবং পারস্যের অভিজাত মুসলমানদের হাতে প্রতিষ্ঠিত বাংলার স্বাধীন সুলতানি যুগের অবসান হলে বাংলাকে একে একে অন্যান্য বিদেশি শক্তিসমূহ গ্রাস করতে থাকে। মুঘল সম্রাট হুমায়ুন অল্প কিছুকাল বাংলার রাজধানীর ওপর অধিকার প্রতিষ্ঠা করেন। কিন্তু শেষ পর্যন্ত তাঁকে আফগান নেতা শের শাহের কাছে পরাজয় মানতে হয়। বাংলা ও বিহার সরাসরি চলে আসে আফগানদের নিয়ন্ত্রণে। আফগানদের দুই শাখা-শূর আফগান ও কররানি আফগানরা বেশ কিছুকাল বাংলা শাসন করেন। শেষ পর্যন্ত মুঘল সম্রাট আকবর আফগানদের হাত থেকে বাংলার ক্ষমতা কেড়ে নেন। অবশ্য রাজধানী দখল করলেও মুঘলরা বাংলার অভ্যন্তরে অনেক দিন পর্যন্ত প্রকৃত ক্ষমতা প্রতিষ্ঠিত করতে পারেননি। এ সময় বাংলায় অনেক বড় বড় স্বাধীন জমিদার ছিলেন। 'বারোভূঁইয়া' নামে পরিচিত এ সকল জমিদার মুঘলদের অধিকার মেনে নেননি। সম্রাট আকবরের সময় মুঘল সুবাদারগণ 'বারোভূঁইয়া'দের দমন করার চেষ্টা করেও সফল হতে পারেননি। 'বারোভূঁইয়া'দের দমন করা হয় সম্রাট জাহাঙ্গীরের সময়ে।