১৭৬৪ খ্রিষ্টাব্দে বক্সারের যুদ্ধে মীর কাশিমের পরাজয়ের বিভিন্ন কারণ ছিল। প্রধান কারণগুলো নিম্নে তুলে ধরা হলো-

১. অর্থনৈতিক দুর্বলতা: ইংরেজদের সাথে যুদ্ধে নবাব মীর কাশিমের পরাজয়ের প্রধান কারণ ছিল তাঁর অর্থনৈতিক দুর্বলতা। পূর্ববর্তী শাসক মীরজাফরের প্রতিশ্রুতি মোতাবেক ঋণের অনেক অর্থ মীর কাশিমকে পরিশোধ করতে হয়। তাছাড়া মসনদ লাভের জন্য তিনি দুই লক্ষ পাউন্ড ইংরেজদের প্রদান করতে বাধ্য হন। যার ফলে তার রাজকোষ শূন্য হয়ে যায়। অর্থের অভাবে তিনি প্রয়োজনীয় সৈন্য, অস্ত্রশস্ত্র সংগ্রহ করতে পারেননি।

২. জমিদার ও প্রশাসনিক কর্মচারীদের অসহযোগিতা দেশীয় জমিদার ও অনেক প্রশাসনিক কর্মচারী মীর কাশিমকে অসহযোগিতা করে। জমিদাররা ঠিকমতো রাজস্ব দিতেন না। অনেক জমিদার ও কর্মচারীরা গোপনে মীর কাশিমের বিরুদ্ধে ইংরেজদের সাথে ষড়যন্ত্র করতেন। তাঁরা নানাভাবে সংকট সৃষ্টি করেন। ফলে মীর কাশিম তাঁর শক্তি পূর্ণভাবে ইংরেজদের বিরুদ্ধে ব্যবহার করতে পারেননি। যা তার পরাজয় ডেকে আনে।

৩. সেনাবাহিনীর অদক্ষতা ও বিশ্বাসঘাতকতা: ইংরেজদের তুলনায় মীর কাশিমের সেনাবাহিনী ছিল অদক্ষ। তাছাড়া পলাশীর যুদ্ধের ন্যায় বক্সারের যুদ্ধেও বিশ্বাসঘাতকরা ছিল। মীর কাশিমের গোলন্দাজ বাহিনীর আর্মেনিয়ান সেনাপতি মরকা ও আরাটুন মীর কাশিমের সাথে বিশ্বাসঘাতকতা করে গোপনে শত্রুপক্ষে যোগ দেয়। বিশেষ করে এটা তারা করেছিল উদয়নালার যুদ্ধে। এ যুদ্ধে মীর কাশিম পরাজিত হয়; যা বক্সারের যুদ্ধে প্রভাব পড়ে এবং পতন ডেকে আনে।

৪. ইংরেজ গোলন্দাজ বাহিনীর শ্রেষ্ঠত্ব বক্সারের যুদ্ধে ইংরেজ গোলন্দাজ বাহিনী তাদের শ্রেষ্ঠত্ব প্রদর্শন করে। এ সময় ইংরেজ বাহিনী বিশেষ করে গোলন্দাজ বাহিনী সেনাপতি হেক্টর মনরোর নেতৃত্বে শক্তিশালী কামান ব্যবহার করে। যে কামানের সামনে মীর কাশিমের বাহিনী ছিল অসহায়। তাছাড়া ইংরেজদের অস্ত্রশস্ত্র ছিল খুবই উন্নত মানের। পলাশীর যুদ্ধ ছিল একটি নাটক, সেখানে প্রকৃত যুদ্ধ হয়নি। কিন্তু বক্সারের যুদ্ধে উভয়ের শক্তি প্রদর্শিত হয়েছে এবং সেখানে ইংরেজরা শ্রেষ্ঠত্বের প্রমাণ রেখেছে।

৫. সম্রাট শাহ আলম ও নবাব সুজাউদ্দৌলার যথাযথ সহযোগিতার অভাব বক্সারের যুদ্ধে ইংরেজদের বিরুদ্ধে নবাব মীর কাশিম সম্রাট শাহ আলম, নবাব সুজাউদ্দৌলা, এলাহাবাদের শাসনকর্তা মহারাজা বেণী বাহাদুর এদের যৌথ বাহিনী নিয়ে অংশগ্রহণ করেছিল। কিন্তু অধিকাংশ ক্ষেত্রেই নবাব মীর কাশিম তার মিত্রদের কাছ থেকে আশানুরূপ সহযোগিতা পাননি। নবাব সুজাউদ্দৌলার উজির, মহারাজা বেণী বাহাদুর বিশ্বাসঘাতকতা করেন। সম্রাট শাহ আলমের দিউয়ান সিতাব রায়ও ইংরেজদের সাহায্য করেন। ফলে যুদ্ধে মীর কাশিম হেরে যান।

৬. মীর কাশিমের উদারতা ইংরেজদের সাথে মীর কাশিম অত্যধিক উদারতার পরিচয় দিয়েছেন। তিনি ইংরেজদের অত্যধিক বিশ্বাস করতেন। যে সুযোগটা ইংরেজরা গ্রহণ করেছে। মীর কাশিম তার উদারতার জন্য রাজকোষ শূন্য করে ইংরেজদের তথাকথিত পাওনা মিটিয়ে দিয়েছিলেন, তাদের 'দস্তক' ব্যবহারের সুযোগ দিয়েছিলেন। ফলে মীর কাশিম যথেষ্ট অর্থকষ্টে পতিত হন। যে কারণে মীর কাশিম যুদ্ধে পরাজিত হন।

পরিশেষে বলা যায়, আধুনিক অস্ত্রশস্ত্রে সজ্জিত সুশৃঙ্খল ইংরেজ বাহিনীর মোকাবিলা করার মতো সৈন্যবাহিনী প্রস্তুত করতে মীর কাশিম ব্যর্থ হন। তাছাড়া নিজেদের মধ্যে অসহযোগিতা, বিশ্বাসঘাতকতা ইত্যাদি একাধিক কারণে মীর কাশিম পরাজিত হন।