১৯৬২ খ্রিষ্টাব্দের সেপ্টেম্বর মাসে পূর্ব পাকিস্তানের ছাত্র সমাজ গণমুখী ও বিজ্ঞানভিত্তিক গণতান্ত্রিক শিক্ষার দাবিতে হামিদুর রহমান শিক্ষা কমিশনের রিপোর্টের বিরুদ্ধে প্রতিবাদ জানায় এবং গণতান্ত্রিক অধিকারের দাবিতে আন্দোলন সংগ্রাম শুরু করে, যা 'বাষট্টির শিক্ষা আন্দোলন' নামে অভিহিত। ছাত্রলীগ এবং ছাত্র ইউনিয়ন যৌথভাবে এ আন্দোলনের নেতৃত্বে ছিলেন। ১৭ সেপ্টেম্বর হরতাল পালনকালে পুলিশের গুলিতে বাবুল, গোলাম মোস্তফা, ওয়াজিউল্লাহ প্রমুখ নিহত হন এবং অনেকে আহত হন। ছাত্র আন্দোলনের মুখে আইয়ুব খানের গদি কেঁপে ওঠে। এটা ছিল আইয়ুব খানের বিরুদ্ধে পূর্ব বাংলার প্রথম সফল গণঅভ্যুত্থান (১৭ সেপ্টেম্বরের আন্দোলনকে স্মরণ রাখতে তখন থেকে আজ পর্যন্ত প্রতি বছর ১৭সেপ্টেম্বর শিক্ষা দিবসরূপে পালন করা হয়)। এ সময়ের গণঅভ্যুত্থানে হোসেন শহিদ সোহরাওয়ার্দী অগ্রণী ভূমিকা পালন করেন। তিনি বিশিষ্ট রাজনৈতিক নেতৃবৃন্দের প্রচেষ্টায় NDF (Nation Democratic Front) গঠন করেন। এ আন্দোলনের ফলে সরকার হামিদুর রহমান কমিশনের সুপারিশ স্থগিত রাখেন। এ আন্দোলনের আরও গুরুত্ব ছিল যে, এ সময় থেকে ছাত্ররাই আইয়ুব বিরোধী আন্দোলনের প্রধান শক্তিতে পরিণত হয়।