বৃদ্ধ বয়সে কারাবাস, অতিরিক্ত পরিশ্রম এবং মানসিক অশান্তির কারণে। সোহরাওয়ার্দী হৃদরোগে আক্রান্ত হন। তিনি চিকিৎসা ও বিশ্রামের জন্য ১৯৬৩ খ্রিষ্টাব্দে বৈরুতে যান এবং সেখানেই এক হোটেল কক্ষে শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন (৫ ডিসেম্বর, ১৯৬৩)। তাঁর মৃত্যুতে বাংলার রাজনৈতিক গগনে এক বিরাট শূন্যতার সৃষ্টি হয়। তাঁর বলিষ্ঠ নেতৃত্বের অভাবে NDF দুর্বল ও বিচ্ছিন্ন হয়ে পড়ে। এ সময় শেখ মুজিবুর রহমানের নেতৃত্বে আওয়ামী লীগ পুনর্গঠিত হয়। তিনি পার্টির সাধারণ সম্পাদক মনোনীত হন। সোহরাওয়ার্দীর ঘনিষ্ঠ সহচর শেখ মুজিবুরের নেতৃত্বে পুনর্গঠিত আওয়ামী লীগ NDF-এর প্রতিদ্বন্দ্বী ছিল না। এদিকে মৌলিক গণতন্ত্রের ভিত্তিতে ১৯৬৫ খ্রিষ্টাব্দের (মার্চ ও মে মাসের জাতীয় পরিষদ ও প্রাদেশিক পরিষদ) নির্বাচনে জয়লাভ করে দ্বিতীয়বারের মতো প্রেসিডেন্ট হিসেবে শপথ গ্রহণ করেন আইয়ুব খান। ফাতেমা জিন্নাহর নেতৃত্বাধীন 'সম্মিলিত বিরোধী দল' (Combined opposition party) আইয়ুব খানের দুর্নীতি ও অবৈধ ক্ষমতার নিকট হেরে যায়। নির্বাচনে আইয়ুব খান জয় লাভ করলেও দেশের অর্থনৈতিক অবস্থার কোনো উন্নয়ন হয়নি। গণঅসন্তোষ ধীরে ধীরে জাগতে থাকে। প্রেসিডেন্ট আইয়ুব খান অত্যন্ত সুকৌশলে জনগণের দৃষ্টি অন্য দিকে প্রবাহিত করতে তৎপর হন।