আগরতলা মামলার আসামিদের ১৮ জানুয়ারি 'দেশরক্ষা আইন' থেকে মুক্তি দিয়ে আর্মি, নেভি এন্ড এয়ারফোর্স এ্যাক্ট আইনে গ্রেফতার দেখিয়ে কেন্দ্রীয় জেল থেকে কুর্মিটোলা ক্যান্টনমেন্টে স্থানান্তরিত করা হয়। এ মামলার বিচারকার্য পরিচালনার জন্য মে মাসে বিশেষ ট্রাইব্যুনাল গঠন করা হয়। জুন মাসে বিচার শুরু হয়। ট্রাইব্যুনালের বিচারপতিদের নেতৃত্ব দিয়েছিলেন পাকিস্তানের প্রধান বিচারপতি এস. এ. রহমান। বিচারের শুরুতে আসামিগণ নিজেদের নির্দোষ দাবি করেন। শেখ মুজিবুর রহমান একে তার বিরুদ্ধে ষড়যন্ত্র বলে মন্তব্য করেন। অভিযুক্ত ব্যক্তিদের নিকট থেকে স্বীকারোক্তি আদায়ের জন্য তাদের উপর অমানসিক অত্যাচার করে। কিন্তু সাক্ষ্য-প্রমাণে এই মামলাটি সম্পূর্ণ মিথ্যা প্রমাণিত হয়। এটা যে পাকিস্তানের শাসকচক্রের হীন ষড়যন্ত্র ছিল তা বের হয়ে আসে। এই মামলা সাজিয়ে আইয়ুব খান চরম নির্বুদ্ধিতার পরিচয় দিয়েছেন। এই মামলার উদ্দেশ্য সফল হয়নি। বলাবাহুল্য এ মামলা আইয়ুব খানের জন্য আত্মঘাতী হয়। প্রকৃতপক্ষে এই মামলাই তার পতন ডেকে আনে। বাঙালি জাতির মধ্যমণি শেখ মুজিবুর রহমানকে এই মিথ্যা মামলার আসামি করার প্রতিবাদে পূর্ব বাংলার সাধারণ মানুষ ক্ষোভে ফেটে পড়ে। ছাত্ররা শেখ মুজিবুর রহমান এবং অন্যান্য নেতাদের মুক্তির জন্য সর্বাত্মক আন্দোলন শুরু করে। সরকার এই আন্দোলন দমন করার জন্য পুলিশ, ই.পি.আর. ও সামরিক বাহিনীকে তলব করে। ১৯৬৮ খ্রিষ্টাব্দের শেষের দিকে এবং ১৯৬৯ খ্রিষ্টাব্দের প্রথম দিকে এ আন্দোলন তীব্র থেকে তীব্রতর হয়ে ওঠে। শেষ পর্যন্ত এ আন্দোলন গণঅভ্যুত্থানে রূপ নেয়।