দ্বি-দলীয় ব্যবস্থার কতকগুলো গুণাবলির পাশাপাশি অসুবিধা বা ত্রুটি লক্ষ করা যায়। নিম্নে এ ব্যবস্থার ত্রুটিসমূহ তুলে ধরা হলো:

১. মন্ত্রিসভার একনায়কত্ব দ্বি-দলীয় ব্যবস্থায় একটি দলের শাসন প্রতিষ্ঠিত হয় এবং আইনসভা একটিমাত্র দলের আজ্ঞাবাহী সংস্থায় পরিণত হয়। ফলে মন্ত্রিসভায় একনায়কত্ব প্রতিষ্ঠার আশঙ্কা থাকে।

২. আইনসভার গুরুত্ব হ্রাস: দ্বি-দলীয় ব্যবস্থায় দলীয় শৃঙ্খলার কারণে আইনসভার সদস্যগণ স্বাধীনভাবে তাদের মতামত প্রকাশে ব্যর্থ হয়। তাছাড়া এ ব্যবস্থায় কোনো দল নিরঙ্কুশ সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করলে গণবিরোধী আইন প্রণয়নে তৎপর হতে পারে। ফলে আইনসভার সম্মান হানি ঘটে।

৩. স্বৈরাচারিতার পথ উন্মুক্ত: দ্বি-দলীয় ব্যবস্থায় একটি মাত্র দল নিরঙ্কুশ সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করে সরকার গঠন করে। ফলে একদলীয় শাসন প্রতিষ্ঠিত হয়। ফলে গণতন্ত্রের আদর্শ বাস্তবায়নের পরিবর্তে সরকারের স্বৈরাচারী হওয়ার পথ উন্মুক্ত হয়ে যায়।

৪. মতামতের প্রতিফলন ঘটে না একটি দেশে দুটি মাত্র রাজনৈতিক দল থাকলে সকল স্তরের জনগণের মতামতের প্রতিফলন ঘটে না। কারণ যারা স্বীকৃত এ দল দুটির আদর্শ ও রীতিনীতিকে পছন্দ করে না ফলে তাদের পক্ষে পছন্দমতো প্রতিনিধি নির্বাচন করা সম্ভব হয় না। ফলে দ্বি-দলীয় ব্যবস্থায় জনগণের মতামত প্রকাশের পথ রুদ্ধ হয়ে যায়।

৫. রাজনৈতিক শিক্ষার প্রসারে বাধা দ্বি-দলীয় ব্যবস্থায় দুটি দলের বাইরে অন্য কোনো দল উল্লেখযোগ্য ভূমিকা রাখতে পারে না। এ কারণে মধ্যপন্থি মতামত বিকশিত হয় না। ফলে জনগণের মধ্যে রাজনৈতিক শিক্ষার প্রসারও ঘটে না।