রাষ্ট্রপতি শাসিত শাসনব্যবস্থা বিভিন্নভাবে সমালোচিত। কেননা এ সরকারের নানাবিধ দোষ রয়েছে। নিম্নে এ শাসন ব্যবস্থার দোষাবলি তুলে ধরা হলো:

১. অনমনীয়তা: এ সরকার ব্যবস্থায় রাষ্ট্রপতি অযোগ্য প্রমাণিত হলেও তাকে সহজে পরিবর্তন সম্ভব নয়। কেননা রাষ্ট্রপতি নির্দিষ্ট সময়ের জন্য নির্বাচিত হন। অনমনীয়তার জন্য এ সরকার ব্যবস্থা পরিবর্তিত অবস্থার সাথে অনেক সময় তাল মিলিয়ে চলতে পারে না।

২. সরকার দায়িত্বহীন হয়: রাষ্ট্রপতি তার কাজের জন্য আইনসভার নিকট জবাবদিহি করতে বাধ্য নন। ফলে এই সরকার দায়িত্বহীন হতে পারে।

৩. আইন প্রণয়নে নেতৃত্বের অভাব: রাষ্ট্রপতি ও তার মন্ত্রিসভার সদস্যগণ আইনসভার সদস্য নন। এর ফলে আইন প্রণয়নে তারা নেতৃত্ব প্রদান করতে পারেন না। এ কারণে অনেক সময় দ্রুত ও ফলপ্রসূ আইন প্রণয়নে সমস্যা দেখা দেয়।

৪. শাসন ও আইন বিভাগের মধ্যে সুসম্পর্কের অভাব সরকারের প্রতিটি বিভাগের মধ্যে সহযোগিতা প্রয়োজন। কিন্তু রাষ্ট্রপতি শাসিত সরকার ব্যবস্থায় শাসন ও আইন বিভাগ পরস্পর পরস্পর থেকে বিচ্ছিন্ন ও স্বাধীন। ফলে সরকার পরিচালনায় কখনো কখনো অচলাবস্থার সৃষ্টি হয়। জরুরি অবস্থায় এই অচলাবস্থা দেশকে বিপর্যয়ের মুখে ঠেলে দিতে পারে।

৫. স্বেচ্ছাচারী হওয়ার আশঙ্কা: রাষ্ট্রপতি শাসিত শাসনব্যবস্থায় সমস্ত শাসন ক্ষমতা রাষ্ট্রপতির হাতে ন্যস্ত হওয়ায় তিনি অনেক সময় একনায়কে পরিণত হতে পারেন। আইনসভার নিকট দায়ী নন বলে রাষ্ট্রপতি স্বেচ্ছাচারী হয়ে উঠতে পারেন।

৬. আইন প্রণয়নে অসুবিধা: রাষ্ট্রপতি শাসিত সরকারের মন্ত্রিগণ আইনসভার সদস্য না হওয়ায় সরাসরি আইন প্রণয়ন কিংবা তা সংশোধনের প্রস্তাব উত্থাপন করার সুযোগ থেকে বঞ্চিত। তাদের নির্ভর করতে হয় আইন পরিষদে দলীয় সদস্যদের ওপর। কোনো কোনো সময় এমন আইন পাশ করা হয় যা হয়তো মন্ত্রীরা চান না, অথবা রাষ্ট্রপতি ও মন্ত্রীরা যে আইন প্রণয়ন করতে চান আইনসভার সদস্যগণ তা চান না।

৭. বিপজ্জনক: রাষ্ট্রপতিকে নির্দিষ্ট মেয়াদের আগে একমাত্র অভিশংসন প্রস্তাব উত্থাপন ও কার্যকর করা ছাড়া ক্ষমতাচ্যুত করা সম্ভব নয়। জরুরি প্রয়োজনে সরকার পরিবর্তনের প্রয়োজনীয়তা দেখা দিলে তা সম্ভব হয় না। ফলে এ সরকার অনেক সময় বিপজ্জনক হতে পারে।