এককেন্দ্রিক সরকার ব্যবস্থার বিভিন্ন গুণাবলি থাকা সত্ত্বেও এ শাসনব্যবস্থা কিছু দোষাবলির কারণে সমালোচিত হয়েছে। নিম্নে এককেন্দ্রিক সরকারের দোষাবলি তুলে ধরা হলো:

১. স্বায়ত্তশাসন বিরোধী এককেন্দ্রিক শাসনব্যবস্থায় সরকারের সমস্ত ক্ষমতা কেন্দ্রীয় সরকারের নিকট ন্যস্ত থাকে। এ শাসনব্যবস্থায় স্থানীয় উদ্যোগের অভাবে স্থানীয় সমস্যাবলি যথাযথভাবে চিহ্নিত বা সমাধান করা যায় না। সুতরাং এককেন্দ্রিক শাসনব্যবস্থা স্বায়ত্তশাসন বিরোধী।

২. আমলাদের দৌরাত্ম্য এককেন্দ্রিক শাসনব্যবস্থায় কেন্দ্রীয় সরকারের কাজের চাপ অত্যধিক হয়। ফলে সরকার আমলাদের ওপর নির্ভরশীল হয়ে পড়ে। এতে আমলাদের দায়িত্ব ও ক্ষমতা বৃদ্ধি পায়। ফলে আমলাতান্ত্রিক দৌরাত্ম্য বৃদ্ধি পায়।

৩. কেন্দ্রের কাজের চাপ বৃদ্ধি একটিমাত্র কেন্দ্রে সরকারের কাজকর্ম চলতে থাকায় কেন্দ্রীয় সরকারের কাজের চাপ বৃদ্ধি পায়। এতে কাজের গতি ও সাফল্য বিঘ্নিত হতে পারে।

৪. সমস্যা সমাধানে অসুবিধা কেন্দ্রীয় সরকার আঞ্চলিক সরকারে ওপর স্থানীয় অনেক দায়িত্ব হস্তান্তর করে অপেক্ষাকৃত গুরুদায়িত্ব সম্পন্ন জাতীয় ও জটিল আন্তর্জাতিক সমস্যা সমাধানে নিজেকে নিয়োজিত রাখতে পারে। কিন্তু এককেন্দ্রিক সরকারে তা সম্ভব নয়।

৫. বৃহৎ রাষ্ট্রের জন্য অনুপযোগী রাষ্ট্র যদি আয়তনে বিরাট এবং জনসংখ্যা বিপুল হয়, যদি সে রাষ্ট্র বহু ধর্ম, বর্ণ ও ভাষাভাষীর হয় তাহলে সেক্ষেত্রে এককেন্দ্রিক শাসনব্যবস্থা উপযোগী নয়।

৬. স্থানীয় নেতৃত্বের বিকাশ হয় না: এককেন্দ্রিক রাষ্ট্রে স্থানীয় পর্যায়ে বা আঞ্চলিক পর্যায়ে রাজনৈতিক কাজে অংশগ্রহণের সুযোগ অনেকটা সীমিত। ফলে স্থানীয় বা আঞ্চলিক পর্যায়ে জনগণের মধ্যে নেতৃত্বও বিকশিত হয় না।

৭. বিপ্লবের সম্ভাবনা এককেন্দ্রিক সরকার ব্যবস্থায় প্রদেশগুলোর সরকার কেন্দ্রের এজেন্টমাত্র। এখানে প্রদেশগুলোর স্বায়ত্তশাসন থাকে না। ফলে আঞ্চলিক বা প্রাদেশিক পর্যায়ে স্বায়ত্তশাসনের জন্য আন্দোলন বা বিপ্লবের সম্ভাবনা বিরাজ করে।

৮. স্বৈরতান্ত্রিক প্রবণতা: এককেন্দ্রিক সরকারের সমস্ত ক্ষমতা এক কেন্দ্র থেকে পরিচালিত হয় বলে এখানে স্বৈরতান্ত্রিক প্রবণতা লক্ষ করা যায়। যা জনগণের জন্য বিপজ্জনক হতে পারে।